Nació en la Ciudad de México el 24 de septiembre de 1956, y estudió sociología en la Universidad Autónoma Metropolitana, Unidad Iztapalapa (UAM-I). Asistió al taller de cuento de Augusto Monterroso, y de 1976 a 1977 fue becario del Instituto Nacional de Bellas Artes (INBA) en el área de narrativa. Realizó los guiones del programa radiofónico “El lado oscuro de la luna” en Radio Educación entre 1977 y 1981. Ese mismo año fue nombrado agregado cultural de la Embajada de México en la República Democrática Alemana y vivió en Berlín Oriental hasta 1984.

Es profesor de literatura en la UNAM y ha sido profesor invitado en las universidades de Yale, Boston, Pompeu i Fabra de Barcelona y Princeton. Colabora regularmente en la revista literaria Letras Libres, en los periódicos La Jornada, Reforma (México) y El País (España), y en publicaciones como El Malpensante (Bogotá, Colombia), Proceso y Nexos. Fue también jefe de redacción de Pauta y director de La Jornada Semanal, suplemento cultural del diario La Jornada, de 1995 a 1998.

En 1991 publicó su primera novela El disparo de argón, a la que siguieron Materia dispuesta (1997); El testigo (2004), con la que obtuvo el “Premio Herralde” otorgado por la Editorial Anagrama; Llamadas de Ámsterdam (2007) y Arrecife (2012).

Además de ser un autor reconocido de literatura infantil, ha publicado los siguientes libros de cuentos: La noche navegable (1980, 2005), Albercas (1985), La alcoba dormida (1992), La casa pierde (1999, 2012), Los culpables (2007, 2008) y Forward: Kioto (2010). También ha publicado obras de teatro, entre ellas El filósofo declara (2011), Conferencia sobre la lluvia (2013), y ensayos, como De eso se trata (2008), La voz en el desierto (2009) y Máquina desnuda (2009).

Su obra como periodista es vasta y variada, entre cuyos títulos podemos mencionar Palmeras de la brisa rápida: un viaje a Yucatán (1989), Safari accidental (2005), Dios es redondo (2006) y ¿Hay vida en la Tierra? (2012).

Premiado en sus múltiples facetas de narrador, ensayista, autor de libros infantiles y traductor de importantes obras en alemán y en inglés, Juan Villoro es reconocido como uno de los principales escritores latinoamericanos contemporáneos. Algunas de las últimas distinciones que le han sido otorgadas son: Premio Internacional de Periodismo “Vázquez Montalbán” (2006), por Dios es redondo; Premio “Antonin Artaud en México” (2008), por Los culpables; Premio Iberoamericano de Letras “José Donoso” (2012), y el Homenaje Nacional de Periodismo Cultural “Fernando Benítez” de la XXVII Feria Internacional del Libro (FIL) de Guadalajara (2013), por la riqueza y variedad de su obra como escritor y periodista.

El escritor Juan Villoro ingresó a El Colegio Nacional el 25 de febrero de 2014. Su discurso de ingreso, “Históricas pequeñeces: vertientes narrativas en la obra de Ramón López Velarde”, fue contestado por el doctor Eduardo Matos Moctezuma.