Nació en la ciudad de México el 16 de septiembre de 1947. Cursó la licenciatura en ingeniería industrial en la Universidad Nacional Autónoma de México (1965-1969), y el doctorado en historia en el Colegio de México (1969-1974). Ha sido profesor de Recursos y Necesidades de México, en la Facultad de Ingeniería (1968-1969), consejero universitario por la Facultad de Ingeniería (1968-1970), profesor investigador del Centro de Estudios Históricos de El Colegio de México (1977), visiting professor en St. Anthony's College Oxford (de octubre a diciembre de 1981 y 1983), y visiting scholar en The Wilson Center (de octubre a diciembre de 1987).

Por más de veinte años colaboró con Octavio Paz en la revista Vuelta, de la que fue secretario de redacción (1977-1981) y subdirector (1981-1996). En 1992 fundó Editorial Clío, de la que es director, mismo puesto que ocupa dentro de la revista cultural Letras Libres, que fundó en 1999, con circulación en varios países de habla hispana, además de desempeñarse como miembro de la junta directiva del Instituto Cervantes y de la empresa de televisión Televisa.

Enrique Krauze es un destacado historiador, ensayista y editor con varios premios y reconocimientos en su haber. En 1976 recibió el Premio Magda Donato por su libro Caudillos culturales en la Revolución mexicana, y en 1979 obtuvo la Beca Guggenheim. En octubre de 1993 ganó el Premio Comillas de Biografía, otorgado anualmente por Tusquets Editores a la mejor biografía internacional, por Siglo de caudillos.

Como autor ha escrito numerosos libros y ensayos. Entre los primeros destacan la serie Biografía del poder (1987); Historia de la Revolución mexicana. La reconstrucción económica. 1924-1928, tomo 10, El Colegio de México (1977); Daniel Cosío Villegas. Una biografía intelectual, (1980), nueva edición corregida Tusquets, México y España, 2001; Caras de la historia (1983); Por una democracia sin adjetivos (1986); Textos heréticos (1992); La presidencia imperial (1997); Mexicanos eminentes (1999); Tarea política. La construcción de la democracia (2000); Travesía liberal (2003), y La presencia del pasado (2004). También es autor de las series televisivas México Siglo XX, de la cadena Televisa, y Mexico, del Public Broadcasting Service de los Estados Unidos.

Es miembro de número de la Academia Mexicana de la Historia desde 1990. En mayo de 1992 le fue otorgada la Medalla al Mérito Histórico "Capitán Alonso de León", y el 16 de diciembre de 2003 le fue concedida la Condecoración de la Gran Cruz de la Orden Civil de Alfonso X El Sabio, de manos del presidente del gobierno español José María Aznar. Ese mismo mes y año formó parte del jurado del Premio Cervantes.

Ingresó en El Colegio Nacional el 27 de abril de 2005. Su discurso de ingreso fue contestado por el filósofo y ensayista Alejandro Rossi.